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接下来,我们根据一样的办法,把cyclobutane也构建出来,并定名为cyclobutane.xsd
接下来,我们根据一样的办法,把cyclobutane也构建出来,并定名为cyclobutane.xsd。如今,信赖各人的手里该当曾经获得了上面所示的两个模子了:
因为DMol3.outmol文档供给了针对有限温度的H,S和G的校订,因而我们能够简朴地将上表的第1行和第3行中的值相加,从而得到针对1-butene关于有限温度校订的G值科学手抄报内容大全,如许我们就得到了上面表格中1-butene第四行的数据科学常识事例科学常识事例。
反响所得的计较自在能约为+10.75 kcal/mol科学指南针官方网站,十分靠近尝试值。留意:我们在计较中能够会与本教程中显现的值略有差别科学手抄报内容大全科学指南针官方网站,此次要是因为在DMol3多少优化中利用Medium convergence level招致的细微构造差别。
利用到的建模东西是Sketch东西栏中的。画一个由四个碳原子构成的链,然后按ESC键打消草图,点击此中一个C-C键,改成双键科学常识事例,单击按钮,然后单击Sketch东西栏上的按钮。
记载下图中白色圆圈标注的Total Energy数值,这个值是上图中1-butene的Etota行中的数值科学常识事例。
然后滑动鼠标至1-butene.outmol文件的最初,我们将找到一张表格,此中包罗对尺度热力学量(熵科学常识软件科学常识事例,热容量,焓和自在能)的有限温度校订,这个温度校订量的范畴是从25 K到1000 K,每一个温度之间距离25 K,一切这些量都包罗零点能的校订(ZPVE)。此时,我们鄙人面表格的第二行记载1-butene在298.15 K的G校订值。
最初,右键单击3D Viewer,然后从快速菜单当选择Display Style对话框科学常识软件科学常识事例,在Atom选项卡上,挑选Ball and stick选项,如许1-butene就完成了建模科学常识软件,记得改一下文件名,避免后边紊乱,这里我们就定名为1-butene.xsd。
颠末上面的一系列操纵以后。我们曾经翻开告终构优化,而且收敛以后会持续施行振动阐发。振动阐发的成果能够用于计较焓(H),熵(S),自在能(G)和在恒定压力下的热容(Cp)随温度的变革。
如今,数据添补完后,我们能够用上面的公式计较1-丁烯异构化为环丁烷的ΔG值,单元是kcal/mol:
DMol3计较的总能量在0 K时发生总电子能量,各类平移,扭转和振动重量用于计较有限温度下的H,S,G和Cp。在本教程中,我们次要是计较在特定温度校订下的自在能。
可是,信赖许多计较小白苦于VASP的自在能计较久矣,特别是输入文件不会写,真是令刚入门的小白直挠头皮,望“ΔG”兴叹!科学指南针模仿计较团队汇集了DMol3计较自在能的教程供各人进修参考,示例:利用DMol3计较1-丁烯异构化为环丁烷反响的自在能:
自在能(ΔG)暗示的是系统所具有的在等温等压下做非体积功的才能,反响过程当中G的减大批是系统做非体积功的最大限度科学手抄报内容大全。这个最大限度在可逆路子获得完成科学指南针官方网站,普通可作为反响停止标的目的和方法的判据,在计较反响途径中饰演着无足轻重的职位。
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